O godzinie 12:18 wybucha bomba terrorystyczna w garażu World Trade Center w Nowym Jorku, pozostawiając krater o szerokości 60 stóp i powodując zawalenie się kilku żelbetowych podłóg w pobliżu wybuchu. Chociaż bomba terrorystyczna nie uszkodziła w sposób krytyczny głównej struktury wieżowców, sześć osób zginęło, a ponad 1000 zostało rannych. Sam World Trade Center poniósł straty w wysokości ponad 500 milionów dolarów. Po ataku władze ewakuowały 50 000 osób z budynków, z których setki cierpiały z powodu wdychania dymu. Ewakuacja trwała całe popołudnie.
Władze miasta i Federalne Biuro Śledcze (FBI) podjęły masową polowanie na podejrzanych, aw ciągu kilku dni aresztowano kilku radykalnych fundamentalistów islamskich. W marcu 1994 r. Mohammed Salameh, Ahmad Ajaj, Nidal Ayyad i Mahmoud Abouhalima zostali skazani przez federalne jury za ich rolę w zamachu bombowym, a każdy został skazany na dożywocie. Salameh, Palestyńczyk, został aresztowany, gdy poszedł odzyskać depozyt w wysokości 400 USD, który pozostawił na wynajem furgonetki Ryder wykorzystanej w ataku. Ajaj i Ayyad, którzy odegrali rolę w budowie bomby, zostali wkrótce aresztowani. Abouhalima, który pomagał kupować i mieszać materiały wybuchowe, uciekł do Arabii Saudyjskiej, ale dwa tygodnie później został złapany w Egipcie.
Główny pomysł ataku „Ramzi Ahmed Yousef” pozostał na wolności do lutego 1995 r., Kiedy został aresztowany w Pakistanie. Wcześniej był na Filipinach, a na komputerze, który zostawił, znaleziono plany terrorystyczne, które obejmowały spisek mający na celu zabicie papieża Jana Pawła II oraz plan zbombardowania 15 amerykańskich samolotów pasażerskich w ciągu 48 godzin. Podczas lotu z powrotem do Stanów Zjednoczonych Yousef podobno przyznał agentowi tajnej służby, że od początku kierował atakiem Trade Center, a nawet twierdził, że ustawił bezpiecznik, który wybuchł bombę o masie 1200 funtów. Jedynym żalem, jak powiedział agent Yousef, było to, że 110-piętrowa wieża nie zapadła się w bliźniaka, co było katastrofą, która spowodowałaby tysiące ofiar śmiertelnych.
Eyad Ismoil, który wjechał furgonetką Ryder do garażu pod World Trade Center, został schwytany w Jordanii w tym roku i zabrany do Nowego Jorku. Wszyscy zaangażowani mężczyźni mieli powiązania z szejkiem Omarem Abdelem Rahmanem, radykalnym egipskim przywódcą religijnym, który działał w Jersey City w stanie New Jersey, położonym po drugiej stronie rzeki Hudson od Manhattanu. W 1995 r. Rahman i 10 wyznawców zostali skazani za spiskowanie w celu wysadzenia siedziby ONZ i innych charakterystycznych obiektów Nowego Jorku. Prokuratorzy argumentowali, że atak World Trade Center był częścią tego spisku, chociaż przedstawiono niewiele wyraźnych dowodów na to, że został on oskarżony.
W listopadzie 1997 r. Yousef i Ismoil zostali skazani w sądzie zaledwie kilka przecznic od bliźniaczych wież, a następnie skazani na dożywocie bez możliwości zwolnienia warunkowego. Tylko jeden człowiek, który prawdopodobnie był bezpośrednio zaangażowany w atak, iracki Abdul Rahman Yasin, pozostaje na wolności.
Po zamachach bombowych na ambasady USA w Kenii i Tanzanii w 1998 r. Śledczy z USA zaczęli podejrzewać, że Yousef miał powiązania z saudyjskim wygnaniem Osamą bin Ladenem, szefem anty-USA. sieć terrorystyczna al-Kaida. To, czy bin Laden był faktycznie zaangażowany w ataki na Twin Tower w 1993 roku, nie zostało ustalone, ale 11 września 2019 r. Dwie grupy terrorystów z Al-Kaidy zakończyły pracę rozpoczętą przez Yousefa, rozbijając dwa porwane samoloty na północną i południową wieżę Światowe Centrum Handlu.
Stal konstrukcyjna wieżowców nie była w stanie wytrzymać ogromnego ciepła wytwarzanego przez płonące paliwo lotnicze i oba zawaliły się w ciągu dwóch godzin od uderzenia. Blisko 3000 osób zginęło w World Trade Center i okolicy, w tym oszałamiające 343 strażaków i 23 policjantów, którzy walczyli o zakończenie ewakuacji i uratowanie urzędników uwięzionych na wyższych piętrach. Przeżyło tylko sześć osób w wieżach World Trade Center w momencie ich upadku. Prawie 10 000 innych osób zostało leczonych z powodu obrażeń, w tym wielu poważnych.
